Imaginez un Sherlock Holmes moderne, âgé d'à peine 17 ans, vivant à la fin des années 1990! Comme si cela ne suffisait pas, imaginez en outre qu'il a l'apparence d'un petit garçon de 6 ans… Quand le style du Britannique Conan Doyle se conjugue avec celui du Nippon Edogawa Rampo, cela donne naissance à Conan Edogawa, le détective le plus futé de sa génération! Victime d'une mystérieuse organisation d'hommes en noir qui l'ont empoisonné et l'ont ainsi fait redevenir un enfant, cet adolescent se retrouve contraint de retourner à l'école primaire et, tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes et résout des affaires ténébreuses et autres meurtres inexpliqués.